A Criação do Museu Regional da Huíla está indissociavelmente ligada, na sua génese mais remota, à criação dos primeiros Museus em Angola.
Reconhece-se José Mendes Ribeiro Norton de Matos, Governador Geral de Angola entre 1911 e 1925, como principal impulsionador da política de colonização cientifica que deu origem aos instrumentos normativos para o inicio das actividades cientificas na área das Ciências Sociais e Humanas, com grande incidência na criação dos museus. (Fernando, 2001, p130)
No seguimento destas politicas foi criado, em 1912, o Museu Etnográfico de Angola e Congo, museu privado, e em 1936 o, também privado, Museu do Dundo, da Companhia de Diamantes Diamang. No entanto, a actividade museológica em Angola teve inicio oficial a 8 de Setembro de 1938 com a criação e abertura do Museu de Angola, instalado na Fortaleza de S. Miguel em Luanda. (Simão, 2015, p.18)
A partir desta data começam a surgir, um pouco por todo país, os primeiros museus de cariz Etnográfico e Colonial.
O historial deste museu é-nos dado a conhecer por documentos que constam do Arquivo documental da Instituição e por fontes bibliográficas consultadas no sentido de percebermos o seu percurso desde a sua fundação.
Inicialmente designado Museu da Huíla, foi instalado num edifício de habitação pertencente ao médico Arnaldo Correia que, tendo mudado de residência para Luanda, doou a sua casa, na antiga cidade de Sá-da-Bandeira, para fins científicos e culturais. Machado da Cruz, investigador da área das Ciências Sociais e professor do Liceu Diogo Cão, hoje Universidade Mandume Ya Ndemufayo, aproveita a ocasião para pedir autorização ao então Governador de distrito, o comandante Peixoto Correia, para a criação e abertura de um Museu naquela cidade.
Com o objectivo de recolher, albergar, estudar, e divulgar matérias do domínio Paleontológico, Arqueológico e Etnográfico é então fundado em 1957, por Peixoto Correia, o Museu da Huíla, exercendo Machado da Cruz a função e primeiro conservador desta Instituição. (Simão, 2015, p.22)
Machado da Cruz (1958) afirma que o Museu foi criado com várias secções das quais duas entram logo em actividade. A primeira secção, de Etnografia portuguesa, possuía uma função exclusivamente educativa, pretendia mostrar e dar a conhecer aos filhos dos colonos, nascidos em Angola, a cultura portuguesa. A segunda, de Antropologia africana nos seus mais diversos domínios, foi criada com fins puramente científicos e de pesquisa cujo objectivo era aprofundar conhecimentos acerca da Região, desde o seu povoamento primitivo, tendo assim funcionado até a Independência Nacional (1975) após à qual passou a designar-se Museu Regional da Huíla. Segundo fontes documentais esta designação resultou de dois factores, o primeiro pelo facto de ser o único Museu existente no Sul de Angola e segundo por albergar colecções provenientes não só da Província da Huíla, mas também das Províncias do Namibe, Cunene e Kando Kubango, fruto de anos de recolha e pesquisa científica por toda esta Região.Nessa altura a exposição etnográfica portuguesa é retirada, dando espaço exclusivamente à colecção que evidencia a cultura, hábitos, crenças, costumes e tradições dos povos Sulanos.
Até 2014 funcionou como órgão dependente da Direcção Provincial da Cultura da Huíla, vendo, nesse ano, ser aprovado o seu Estatuto Orgânico pelo Decreto Executivo no 5/14 de 8 de Janeiro, passando a ser tutelado pelo Ministério da Cultura.